C’est dans la deuxième moitié du 19e siècle que les troupes françaises atteignent les côtes de la Guinée dans un territoire décimé par la traite et découpé arbitrairement par les colonisateurs. En 1891, elle devient officiellement une colonie française. La France y détruit toutes les structures traditionnelles, impose son administration, détruit les cultures vivrières et favorise le développement des cultures d’exportations comme le caoutchouc au profit de grandes entreprises. Des révoltes éclatent, notamment celle dirigée par Samary Touré qui, fait prisonnier en 1898, meurt en exil au Gabon en 1900. En 1904, la Guinée est intégrée à l’Afrique occidentale française et c’est à ce titre qu’elle est présente à l’exposition coloniale de 1906.
En septembre 1958, la Guinée est le seul pays d’Afrique à dire non à l’entrée dans la Communauté européenne proposée par de Gaulle qui pour la punir rappelle immédiatement tous les fonctionnaires, ingénieurs et cadres français qui gèrent alors l’ensemble de l’économie et de l’administration civile et sanitaire, plongeant intentionnellement la Guinée dans le chaos. Le 2 octobre 1958, Ahmed Sekou Touré, petit-fils de Samary Touré, en devient le premier président.